1912年1月1日，孙中山到南京就任民国临时大总统。宣誓就职的地点，则是张謇一手规划建筑的咨议局新房。

临时政府希望张謇出任财政总长，但张謇知道最大的困难在于财政，只答应出任实业总长。1月3日这天，孙中山与张謇一起商讨问题，谈话的具体内容已不可考，张謇在日记中只说是“未知涯畔”，对孙中山颇有讥评。二人在性格上，一个富于理想，一个强调务实，谈话显然很不投机。而此前张謇在考察袁世凯主政天津的业绩后，对袁的评价是：“慰廷要是不凡，但气稍粗狂耳，举世督抚，谁能及之？”

1912年1月6日，张謇与袁世凯的代表张绍曾在南京会晤。1月10日，他打电报给袁世凯，解释设立临时政府是为了稳定南方形势而不得已为之。他还暗示让段祺瑞等向清廷请愿逼宫。这一建议，正合袁的心意，他的确也是这样行动的。

    2月12日，清帝下诏退位。革命党人冯自由记载：“清帝逊位谕旨之文辞即在赵（凤昌）宅起草，乃出张季直（张骞）手笔”。耐人寻味的是，张謇并没有在日记中记载这件名垂千古的事情。三天后，张謇看到退位诏书时，在日记中并不轻松地写下：

   “此一节大局定矣，来日正难。”