公司成立，取得开垦权后，统一规划建设，必先统一地权，处理土地所有权问题。大片荒滩看上去好象都属无所主，实际情况却是“几无一寸无主，亦无一丝不纷。”地权复杂，纠纷不断。原来荒滩荡地，有“官地”，属淮南盐场所有，在官地中又有私售为民顶替，含糊不清之地；有“营地”，因清时豪强争夺斗争激烈，流血不止，而收归苏松、狼山两镇兵营所有，对兵营的滩地，采取了折价入股的办法，在营地中又有民地介入和界限不明相互争夺之地；有“民地、灶地”，盐灶户占用之地，民地中又有遵章占买和强行霸占之地，灶地又有商亭、灶亭之别与照案未分补给之地；有“坍户地”，他们的田早已坍入海中，但照旧向清政府纳粮，清政府规定，只要纳粮不断，以后土地复涨，仍归原业主所有，公司对这类地权的处理，采取由政府验明纳粮凭证，以其所交纳粮折价作为投资公司的股份；有“酬户地”，包括善举公用的学田、庙田、牧地等以及荡滩管理人员和分取草利的把头等等的土地，他们一向分取荡田草利，经清理后，有的仍按年给予草租，有的给资遣散；有“批户地”，是买了人家的荡地，仍向原业主完粮的，对这种户主，公司出价收购其土地，并销毁其契约；尚有少数申请购买荒地后，既不交款又不筑堤的，就作为“官滩”注销，由公司围垦。
张謇围垦通海沿海荡地的计划，首先遭到盐运使的反对。因为要围垦荒滩必与盐业生产发生矛盾。制盐需要碱地，而垦殖需要淡土；煎盐需要长草作为燃料，垦殖则需要锄草以种植棉花；煎盐要引入海潮制卤，垦殖则最怕海水侵入需排咸。在清朝，盐税是国家的重要财源，所以在沿海产盐区有禁止开垦的规定。张謇的垦牧公司对盐务草地，已宽留3倍之多，年可产草30万担，吕四盐定额5万余桶，需草只10万担，是有盈无绌的，而两淮盐运使硬说有绌无盈，认为垦牧与盐务势不能并行不悖，盐运使控告张謇经营垦牧妨碍盐产。张謇则忍之，如其所说：“事机变幻，作辍无常，非礼动摇，怫然意懈，吾恶其不忍而不敢也。”后请两江总督刘坤一奏清廷撤销盐场禁垦的规定，并划清了盐、垦界址，从而取得了斗争的胜利。
要清理上述如此复杂的产权，谈何容易？张謇对清理地权纠纷的工作，化了整整8年时间才全部完成。有人说：张謇办垦，和人打官司的案卷，累叠起来没有一丈高，起码也有好几尺。张謇说：“业垦于穷海荒凉寂寞之滨，难事也，非得有专鸷坚忍之人，不能共其事。”
另一个是县属分界问题。吕四以东大片荒滩，地无县界归属，纷纷迁入的垦民，纳税、民事、刑事等就出现了诸多麻烦。曾在1891年十二月二十三日起张謇与海门同知刘文澈延修厅志，所以对海门历史、地理早已十分清楚。光绪二十七年（1901），张謇带上图志往海门府根据现状商定划界方案后，四月十九日与州厅一起考定分界：海门所属苏、狼两营兵田之北界，即为吕四场，以三补堤之南界为南通与海门之分疆。五月二十六日撰《通海界碑文》。六月奉度支部核准定案，十二月，张謇约来通州直隶知州琦珊、海门厅同知梁孝熊、吕四场大使金上迪、吕东巡检郑某及通海绅董等，亲莅分界处聚会察视，划定通、海分疆，在小沙洪西边合兴镇河湾北侧竖立了一块通海界碑。界碑高丈许，碑体为六柱型大理石，上刻有“十年本道定界之图”，疆界方位起讫之地，“以界为渠，伐石为柱，铭而表之，彰示来者……州人张謇自督部奉建”等碑文共240余字。立碑时，张謇与随行人员点高烛，烧高香，拜天地，祭神灵，立碑仪式十分庄重。后建界碑庙，形如凉亭，故又称通海界碑亭。其四角飞檐翼然，8根柱子深红醒目，界碑立于正中，内设两个小菩萨神彩飞扬。四周有冬青和钢条围栏，常人不得入内。1911年张謇在《通海定界后记》中曰：“凡两境之民，公司之佃，晓然知界碑之南北辖区……纳赋诉讼，分别有据矣。”从此，界分而明，人合而聚，和善相处。